Ngoài thiết kế thân máy linh hoạt, phần mềm HP Support Assistant tự động cập nhật loạt chương trình cần cài đặt giúp cho việc cài đặt nhanh chóng, thuận tiện. Trong quá trình sử dụng, phần mềm này sẽ đưa ra nhiều thông báo liên quan đến tình trạng hoạt động của các chương trình giúp người dùng chú ý để cập nhật hoặc loại bỏ để tối ưu hóa việc vận hành của máy.
HP ProDesk 400 G1 hướng đến người sử dụng là các doanh nghiệp và tổ chức nghiệp vụ nên thường bán theo dự án với nhiều tùy chọn cấu hình phù hợp với nhu cầu sử dụng và ngân sách của khách hàng.
Cụ thể, khách hàng được tùy chọn bộ vi xử lý mới nhất từ Intel thế hệ thứ 4 gồm Pentium, Core i3, i5, i7. Bộ nhớ SDRAM chọn đến 16 GB tốc độ cao 1.600 MHz DDR3. Ổ lưu trữ gồm các lựa chọn như ổ cứng SATA dung lượng 2 TB, ổ cứng lai thể rắn 1 TB, ổ lưu trữ thể rắn tự mã hóa 256 GB, ổ lưu trữ thể rắn 128 GB. Ngoài ra còn nhiều tùy chọn về ổ đĩa quang, card đồ họa, các khe mở rộng, hệ điều hành.
Đối với một số tùy chọn hệ điều hành bản quyền cài sẵn Windows 8.1 Pro sẽ được kèm theo đĩa downgrade Windows 7 bản quyền. Với Windows 8.1 bản quyền hỗ trợ sử dụng màn hình cảm ứng, việc thao tác sẽ trở nên trực quan hơn và thuận tiện hơn với các phần mềm như HP PageLift cho phép sao chụp thông tin trên màn hình, tự động chỉnh sửa và truy xuất một ảnh chất lượng cao dùng để lưu hoặc chia sẻ ngay mà không cần đến các thao tác chỉnh sửa thủ công.
Các máy tính doanh nghiệp của HP thường được trang bị nhiều chương trình bảo mật do chính các kỹ sư của hãng phát triển. Trên dòng máy này, nếu đi kèm với các phiên bản hệ điều hành bản quyền, HP sẽ cài đặt sẵn chương trình bảo mật HP Client Secutiy gồm các phần mềm bảo như HP BIOS Protection, HP Trust Circles và cũng kèm theo các phần mềm giúp sao lưu và khôi phục hệ thống khi cần gồm HP Recovery Manager, HP Recovery Disk Creator.
HP BIOS Protection ngăn ngừa các cuộc tấn công của virus, các loại tội phạm mạng và ngăn ngừa nguy cơ mất dữ liệu đồng thời giảm thiểu nguy cơ gây sụp hệ thống. HP Trust Circles giúp đặt các tập tin vào một thư mục mã hóa, khi đó những người dùng không được quyền truy cập sẽ không thể xem hoặc chỉnh sửa dữ liệu trong thư mục đó.
Còn HP Recovery Manager là trình điều khiển giúp phục hồi hệ thống về tình trạng ban đầu trong trường hợp hệ điều hành bị hỏng hoặc lỗi do virus hoặc các nguyên nhân khác. HP Recovery Disk Creator giúp sao lưu hệ thống sang các đĩa DVD hoặc USB dự phòng và được dùng để khôi phục hệ thống trong tương lai nếu chẳng may hệ thống bị lỗi hoặc hư hỏng.